Os primitivos habitantes da região eram índios Caetés. No século XIX, o território integrava o município de Caculé. Nessas terras desenvolveu-se a fazenda Lagoa do Cisco, propriedade de Anselmo Cruz Prates, Sebastião Figueiredo Cardo e das famílias Lima, proprietária da Casa Grande - primeira edificação do sito e onde celebrava-se as missas inicialmente-, e Gonçalves de Aguiar. Logo surgiram as primeiras casas e edificou-se a capela de São Sebastião. Formou-se o povoado São Sebastião do Cisco, situada à margem do Rio das Antas ou Jacaré e da Lagoa do Tamboril em fins do século XIX.

A sociedade local baseava-se em economia escravagista, utilizando-se de mão-de-obra forçada para a construção das primeiras edificações, para a produção agrícola e para as tarefas caseiras. Dada a fertilidade de suas terras, foram chegando famílias e o lugarejo transformou-se em povoado. Inicialmente, pertenceu ao município de Caetité a depois, com a emancipação política de Caculé, passou a se integrar àquele município, adquirindo a condição de distrito.

A denominação do vilarejo foi alterada para São Sebastião em 1920, para São Sebastião do Caetité em 1933 e voltando a São Sebastião em 1938, para finalmente ser nomeado Ibiassucê, topônimo definido pelo Decreto Estadual nº 141, de 1943. Contudo, era ainda distrito de Caculé. O povoado evoluia lentamente e a sua população ansiava pela sua emancipação política, que só veio a ocorrer em 18 de julho de 1962, pelo Decreto nº 1.724, do então governador da Bahia coronel Juracy Magalhães, desmembrando a vila do município de Caculé e conseguindo a sua municipalização.

O município teve como primeiro chefe executivo o professor Benedito dos Santos Nascimento que foi inicialmente o responsável pela partida desenvolvimentista da sede, em seus aspectos físicos sócio-culturais.