Malhada teve sua origem do nome ao fato de que era um lugar de descanso de Gado, o município pertencia ao território de Carinhanha onde ali viviam os indios Caiapós. Em 8 de junho de 1931, através do Decreto Estadual nº 7.479 passa o povoado a categoria de Distrito de Carinhanha, com nome geográfico de Malhada. A sua emancipação se verificou em 29 de novembro de 1961 através do Decreto Lei nº 1.563.